DNA合成儀采用一定壓力的惰性氣體（氬氣）或氮?dú)饧半姶砰y組驅(qū)動(dòng)液體試劑，也可采用氦氣驅(qū)動(dòng)試劑。某些合成儀采用slider block滑塊系統(tǒng)及精密蠕動(dòng)泵，可不采用氣體為驅(qū)動(dòng)系統(tǒng)。采用氣體及電磁閥驅(qū)動(dòng)液體試劑時(shí)，需首先將管路系統(tǒng)電磁閥前段，含試劑瓶組中壓力加壓到規(guī)定氣壓，通過合成管理軟件或手動(dòng)打開電磁閥（一般打開時(shí)間為數(shù)ms），即可驅(qū)動(dòng)液體試劑到所需的合成柱中。 DNA合成儀的一般原則需要保持內(nèi)外氣體隔絕，因此無論試劑瓶、堿基瓶均需密封保持一定壓力。所有壓力管路目前均采用特氟龍導(dǎo)管，直徑為1/16—1/8吋。
每個(gè)瓶子都有一個(gè)氬氣壓力管道及輸送管道進(jìn)入瓶蓋插塞，對(duì)于亞磷酰胺，1—8號(hào)瓶其壓力管道也作為排氣管。氬氣管要保持在液體水平以上，而輸送管卻伸到瓶的底部。當(dāng)閥門正確設(shè)置打開時(shí)，儲(chǔ)液瓶上部空間由氬氣加壓，液體被推進(jìn)輸送管，流到其目的地。
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